2005年时任江苏省委书记李源潮提出南京建设“五大中心”，“长江国际航运物流中心”位居五大中心之首。2010年，国务院批准的《长江三角洲地区区域规划》提出南京要建设长江航运物流中心，成为长三角辐射带动中西部地区发展的重要门户，在国家层面明确了建设南京长江航运物流中心的目标。2012年，时任交通运输部部长李盛霖和江苏省委书记罗志军共同为南京“长江航运物流中心”揭牌，标志南京长江航运物流中心进入实质性推进阶段。

建设南京长江航运物流中心，对于提升南京综合竞争力、带动长江流域经济发展等具有重要意义，为加快推进南京长江航运物流中心建设，南京市发展和改革委员会、南京市交通运输局委托交通运输部水运科学研究院编制本规划。

在项目编制过程中，项目组实地现场勘探了南京港所有港区，并与南京市发展和改革委员会、交通运输局、财政局、国土局、口岸办、规划局、商务局、鼓楼区、江宁区、浦口区、南京经济技术开发区、南京化学工业园区、南京港集团公司等相关单位进行了座谈，充分听取了各方意见，通过召开工作研讨会、大纲评审会、中间成果专家咨询会、征求意见会、验收会、汇报会等工作会议，吸收国务院发展研究中心、国家发展改革委、交通运输部、大连海事大学等行业内知名专家的建议，最终形成规划文本，并由南京市人民政府正式批复(宁政复[2013]156号)。

南京区域性航运物流中心

中央确定长江经济带战略后，国家有关部门会同地方政府制定推进措施，对我院制定的南京长江航运物流中心规划予以高度重视，并据此研究成果对长江干线航运枢纽布局进行重大调整，2014年9月，国务院发布《关于依托黄金水道推动长江经济带发展的指导意见》，明确提出“加快上海国际航运中心、武汉长江中游航运中心、重庆长江上游航运中心和建设。”在长江黄金水道第一次从国家层面提出了以上海为龙头，重庆、武汉、南京为主要枢纽的航运物流体系完整布局。